藻类毒素：

养殖过程中，藻类死亡分解产生的毒素；或者有害藻类大量繁殖产生毒素等(如微囊藻等蓝藻类、裸甲藻类、鱼腥藻、膝沟藻等对养殖危害极大的藻类)，主要是神经毒素和肝毒素。

神经毒素使养殖动物神经麻痹，导致反应迟钝、痉挛抽搐、呼吸系统麻痹、呼吸困难等，严重者死亡;肝毒素导致养殖动物肝中毒，引起肝胰脏肿大、萎缩、坏死等一系列生理障碍。

微生物毒素：

主要是病原毒细菌的内毒素、外毒素和真菌毒素。如黄曲霉素、呕吐毒素等。

有机物分解过程中的有毒有害中间产物和最终产物：如：氨氮、亚硝酸盐、硫化氢、组胺、吲哚等。

养殖过程中药物使用：

养殖过程中使用的消毒剂、杀虫剂、抗菌药、过量施肥或过量使用化肥等。所谓“是药三分毒”，这些药物在使用过程中对鱼虾产生毒副作用。在药物使用后，本身有毒性残留或者本身无毒但与水体的其他物质反应产生新的有毒物质。

这些有毒物质，导致养殖动物肝胰脏功能受损，引起慢性中毒，抵抗力下降，继发感染各种病毒细菌，甚至死亡。

养殖过程中容易产生“有毒”危害物质的有：

1.消毒剂：如含氯制剂、重金属、染料等；

2.杀虫药：有机磷农药、菊酯类等；

3.抗菌药：抗生素、磺胺等。

环境污染：

农业污水(农药、化肥等)、工业污水(重金属、有机溶剂等)、生活污水、各种富营养化水质、空气污染导致酸雨等各种有毒有害物质污染水源进入养殖区域，作为养殖水源使用。

营养过剩：

养户追求高营养饲料，导致养殖动物无法充分吸收饲料营养，导致营养过剩，造成水质污染;同时，蛋白等营养过剩，增加动物排泄压力，导致肝毒素、肠道毒素等累积。

酸性水质或碱性水质养殖动物的影响：

鱼虾养殖鱼虾适宜pH值在6.5~9.0，而最适宜的范围为弱碱性，即pH值在7.0～8.5之间；pH值虽在安全范围内，但当超出最适范围时也会影响鱼类的生命活动，从而影响到养殖的产量和效益；pH值超出一定范围高限为9.5~10、低限为4～5会直接造成养殖水生生物的死亡。pH值还通过影响其它的环境因子而间接影响到鱼类的生长。

其他

在养殖过程中，还有各种各样的对养殖动物危害较大的因素(如：缺氧等)；以及目前未能检测到的未知危害因素。